Para assegurar o cumprimento de seus objetivos e responsabilidades com o dinamismo necessário, a estrutura organizacional do inpEV está definida com base em processos de trabalho:
Os processos estão divididos em suporte, básico e administrativo, como a seguir:
Processos de Suporte: compreendem as atividades de apoio e orientação aos agentes envolvidos no sistema quanto ao cumprimento de suas responsabilidades legais, a promoção da educação e consciência de proteção ao meio ambiente e a saúde humana e o apoio no desenvolvimento tecnológico de embalagens de produtos fitossanitários.
Processos Básicos: engloba toda a gestão do processo de destinação final de embalagens vazias de produtos fitossanitários no Brasil que é subdividido em 6 sub-processos:
Processos Administrativos: envolve o gerenciamento dos recursos humanos, financeiros e a tecnologia de informação.