Para asegurar el cumplimiento de sus objetivos y responsabilidades con el dinamismo necesario, la estructura organizacional del inpEV está definida basándose en los procesos de trabajo:
Los procesos están divididos en soporte básico y administrativo, como figura a continuación:
Procesos de Soporte: comprenden las actividades de apoyo y orientación a los agentes involucrados en el sistema en cuanto al cumplimiento de sus responsabilidades legales, la promoción de la educación, la toma de consciencia de protección al medio ambiente y a la salud humana y el apoyo en el desarrollo tecnológico de los envases para productos fitosanitarios.
Procesos Básicos: engloba toda la gestión del proceso de destino final de los envases vacíos de los productos fitosanitarios en Brasil. Se subdivide en 6 subprocesos:
Procesos Administrativos: involucra a la gerencia de recursos humanos, financieros y la tecnología de información.